При выплате заработной платы за первую половину месяца (аванса) НДФЛ не удерживается. Но из этого правила есть исключение.

Источник: Письмо Минфина от 26.08.2019 № 03-04-06/65462

Как известно, заработную плату необходимо выплачивать дважды в месяц. При этом  в целях НДФЛ датой фактического получения работником «зарплатного» дохода признается последний день месяца, за который начислена зарплата. А поскольку зарплата за первую половину месяца (аванс), как правило, выплачивается до истечения месяца, то и «зарплатного» дохода на момент такой выплаты у работника еще нет, а значит НДФЛ начислять не с чего. 

Но это правило относится только непосредственно к «зарплатному» налогу. А ведь у работника могут быть и иные доходы, полученные от работодателя, в частности, в натуральной форме. А с «натурального» дохода налог удерживается при первой же денежной выплате. Следовательно, с зарплаты за первую половину месяца работодатель вправе удержать ранее исчисленный, но по каким-либо причинам не удержанный (удержанный не полностью) налог.