Причем заплатить налог гражданину придется независимо от того, как долго проданный земельный участок находился в его собственности.

Источник: Письмо Минфина от 16.08.2019 № 03-04-05/62660

Как известно, доходы от продажи недвижимости освобождаются от обложения НДФЛ, если проданное имущество находилось в собственности физлица не менее минимального предельного срока владения (3 года или 5 лет в зависимости от ситуации). Однако это освобождение не распространяется на имущество, непосредственно использовавшееся в предпринимательской деятельности. 

С 01.01.2019 эта норма была смягчена. По новым правилам, если «физик» владел бизнес-недвижимостью в течение минимального предельного срока, платить налог не придется. Но эта поблажка распространяется не на любое имущество, использовавшееся в предпринимательской деятельности, а только на жилые дома, квартиры, комнаты, дачи, садовые домики, доли в них, а также транспортные средства.

Следовательно, доходы, полученные от продажи земельного участка, непосредственно используемого в бизнес-деятельности, не освобождаются от обложения НДФЛ.