Организация, имеющая обособленные подразделения, вправе применять УСН. Правда, при условии, что ОП не имеет признаков филиала.

Источник: Письмо ФНС от 30.07.2018 № КЧ-4-7/14643; п.3 Обзора практики рассмотрения судами дел, связанных с применением глав 26.2 и 26.5 НК

Налоговым кодексом установлен запрет на применение УСН организациями, имеющими филиалы.

Филиал – это обособленное подразделение юрлица, расположенное вне места его нахождения и осуществляющее все функции юрлица или их часть (ст. 55 ГК РФ). Соответственно, если организация просто создала обособку (рабочие места) вне места нахождения головного офиса, она не теряет права на применение УСН.

Кстати, иногда налоговики (и суды) могут не разрешить фирме менять УСН на ОСН в середине года в связи с созданием филиала. Это возможно в ситуации, когда зарегистрированный филиал фактически не ведет деятельность, не имеет собственного офиса, штата сотрудников и имущества, а его руководитель назначен лишь номинально. И при этом формальное создание филиала позволяет организации получить налоговую выгоду в виде возмещения НДС из бюджета.