Если в транспортной накладной не указана стоимость перевозки, этот пробел можно восполнить оформлением универсального передаточного документа (УПД).

Источник: Письмо ФНС от 10.08.2018 № АС-4-15/15570

По правилам для подтверждения расходов на перевозку грузов необходима транспортная накладная. Да ни какая-нибудь, а составленная по форме, утвержденной Правительством РФ (Постановление Правительства РФ от 15.04.2011 № 272). При этом транспортная накладная может быть использована в качестве первичного учетного документа при условии, что в ней указаны все обязательные реквизиты, установленные ч.2 ст.9 Федерального закона от 06.12.2011 № 402-ФЗ.

Если же в накладной отсутствует, например, итоговая стоимость перевозки, то транспортная накладная может быть документом, на основании которого составляется необходимая для целей бухгалтерского и налогового учета первичка. В частности, в договоре перевозки можно прописать, что в дополнение к транспортной накладной стороны оформляют УПД. В таком дополнительном документе можно отразить как реквизиты, предусмотренные законодательством о бухучете для первички, так и сведения, необходимые для принятия к вычету НДС.