Расходы на доработку и модернизацию нематериального актива не увеличивают его первоначальную стоимость.

Источник: Письмо Минфина от 17.05.2018 № 03-03-06/1/33132

Первоначальная стоимость НМА определяется как сумма расходов на их приобретение (создание) и доведение до состояния, в котором они пригодны для использования. Нематериальные активы амортизируется, однако увеличение их первоначальной стоимости в результате доработки НК не предусмотрено.

Соответственно, затраты на доработку НМА в «прибыльных» целях учитываются в прочих расходах, связанных с производством и реализацией. Причем списываются такие затраты равномерно в течение периода использования доработанного НМА.